- احد ابناء المشير الركن الشيخ خليفة بن احمد ال خليفة القائد العام لقوة دفاع البحرين
- تخرج الشيخ محمد بن خليفة بن أحمد آل خليفة من جامعة الملك فهد للبترول والمعادن بدرجة البكالوريوس مع مرتبة الشرف في مجال الإلكترونيات.
- أكمل تعليمه العالي في المملكة المتحدة، حيث حصل على دبلوم الدراسات العليا من جامعة كامبريدج.
- حصل أيضاً على شهادة الماجستير المتقدم من كلية إمبريال للعلوم.
- شهادة الماجستير في إدارة الأعمال من جامعة ديبول.
- انضم في العام 1999، إلى العمل في وزارة المالية.
- في العام 2005، تمت ترقيته ليصبح مديراً لإدارة المساهمات الحكومية.
- خلال فترة عمله في وزارة المالية عكف على خصخصة بعض المشاريع الحكومية الرئيسية مثل خصخصة محطات الطاقة وطرح أسهم شركة عقارات السيف في اكتتاب عام وتخصيص محطة المحرق لمعالجة مياه الصرف.
- في العام 2011 تم تعيينه في منصب الرئيس التنفيذي للشركة القابضة للنفط والغاز.
- في يوليو 2015 تم تعيينه رئيساً لمجلس إدارة شركة نفط البحرين (بابكو).
- عضو مجلس إدارة سابق لشركة توسعة غاز البحرين الوطنية، ومصرف البحرين المركزي، ولشركة ألمنيوم البحرين، وشركة اللؤلؤ السياحية.
- يشغل حالياً منصب عضو مجلس إدارة في كل من الهيئة الوطنية للنفط والغاز ومصرف البحرين المركزي.
- يوم الجمعة (3 يونيو/ حزيران 2016)،صدر مرسوماً ملكياً رقم (45) لسنة 2016م بتعيينه وزيرا للنفط .